Тут и далее разгадка.

Как раз таки хотел посоветовать оставить кокон и поглядеть на будущую муху, если таковая выведется.
Будет довольно таки интересно.

А нету фотографии матки до "откладывания"?

Спасибо за фотографию.
Могу сделать несколько предположений (на истину вовсе не претендую). Можно наверняка сказать, что эта муха паразитирует на свежеотлетевших матках. Скорее всего, муха находит ползущую матку и прикрепляет своё яйцо в известном ей месте (распространённый приём среди паразитических мух). Затем вылупившаяся личинка (скорее всего очень мелкая) прогрызает хитин и попадает внутрь матки. Матка, (как ей и полагается) зарывается куда-нибудь в землю и сидит там. Поправьте если я не прав, но во всех темах про этих мух которые я нашёл, матка после откладывания куколки не умирала, а в одном блоге даже продолжила растить полноценную колонию. Посему можно сделать вывод, что личинка мухи при своём развитии и вылуплении не затрагивает у матки никакие жизненно важные органы (в том числе половые). То есть, зарывшаяся матка может начать основывать колонию, в то время как внутри неё развивается паразит. Также личинка мухи (судя по фотографиям имеющая весьма крупные размеры) при своём выходе из матки не причиняет ей каких либо видимых повреждений, а значит, скорее всего, покидает матку через кишечник, в котором скорее всего и проходит своё развитие.

Делаем предположения дальше.
1. Возможно, если матка летела где-нибудь в июне, то есть запрограммирована на вывод первого поколения до наступления осени, то она, имея в себе достаточно жировых запасов, выводит его, и рабочие не дают матке помереть с голоду от ещё не развитого паразита, в то же время сохраняя жизнь и самому паразиту. В таком случае, скорее всего, личинка покидает матку с окукливанием поздней осенью. Наиболее вероятно, что муха вылупляется из куколки после зимы, и живёт примерно с весны до осени. В таком случае, появляется загвоздка, ибо то как муравьи относятся к личинке до окукливания и к взрослой мухе неизвестно. Возможно что личинка и муха выделяют специальные пахучие вещества, заставляя муравьёв относиться к ним нейтрально. Это вполне возможно, особенно учитывая то, что, судя по блогам, матка и рабочие не проявляют к куколке абсолютно никакой агрессии.
2. Если же матка летела поздним летом или осенью, то есть запрограммирована на вывод первого поколения после зимы, то в то время как матка в одиночестве впадает в оцепенение в своём укрытии, паразит питается её жировыми запасами.
Предположим что личинка заканчивает своё развитие поздней осенью, и выходит из матки с окукливанием тогда же. Тогда куколка зимует вместе с маткой, и затем, с наступлением весны, вылупившаяся муха покидает куколку и устремляется на поверхность. Матка, из-за отсутствия жировых запасов, погибает от голода либо во время зимы, обеспечивая мухе 100% безопасность, либо муха покидает укрытие с ещё живой маткой, которая по идее должна относиться к мухе лояльно.
3. Также, судя по блогам, относительно много заражённых маток было поймано также и весной, то есть они скорее всего перезимовали с паразитом внутри. Тогда, скорее всего, заражены были матки, которые летели поздним летом либо осенью. В таком случае, наиболее вероятен вариант, что личинка выходит из матки и окукливается примерно в середине-конце весны. Матка погибает от голода, в то время как муха ещё развивается в куколке. Далее, примерно в середине июня, из куколок выходят мухи, как раз к началу лёта новых маток. Лично я склоняюсь к этому варианту.

Напомню, что что это лишь несколько, на мой взгляд наиболее правдоподобных предположений. В реальности всё запросто может оказаться гораздо сложнее. (а может и проще)

Основываясь на вышесказанном, постараюсь сделать для ваших матки и мухи некий прогноз. Насколько я помню, единственная успешно появившаяся на свет муха развивалась из личинки, которая развивалась в матке прошедшей зимовку. Поэтому могу предположить, что личинкам этих мух для успешного развития необходима зимовка, как и для многих наших видов (например кузнечиков). Если это так, то муха у вас не получится.
Теперь про матку. Если вышесказанное про то, что паразит при развитии и выходе из матки не наносит матке жизненно важных повреждений верно, то сейчас вам нужно матку хорошо откормить, чтобы компенсировать съеденные паразитом жировые запасы. Также можно попытаться подкинуть матке коконов и рабочих, т.к. из-за паразита матка могла утратить способность выводить первое поколение. В идеальном случае, матка начнёт откладывать яйца и даст начало новой полноценной колонии.

так что, подводя итоги, можно взять кокон или муху из него, и скормить его другим муравьям - так сказать, месть совершить.)))

KVA
Я не знаю ни одного человека, у которого матка выживала после выхода мухи. Она несколько дней жила, а затем погибала.
Мне кажется (а может я где-то это читал, не помню), что личинка съедает не жировые запасы матки. Вернее, не только их. Скорее всего, она повреждает и съедает подчистую яичники. Тогда матка, даже если и выживает, остаётся бесплодной. Но, повторюсь, мне не известен ни один случай, когда заражённые матки оставались жить и плодиться.

Вот блог, где матка откладывала яйца и выращивала потомство до выхода паразита и после. http://antclub.org/node/2648