1. Можно и без дверц. В принципе они не помешают, но если нет возможности их сделать, то тоже ничего страшного не случится.
2. Если муравьев нужно будет перевозить на такие расстояния(400км), то конечно же земля, а тем более песок нежелательны. Даже влажный грунт толщиной 3 см при хорошей тряске может частично обвалиться.
3. Монтажная пена как наполнитель используется, только она не впитывает влягу. Там должна быть спцифическая система увлажнения и вентиляции. Подробностей я, увы, не знаю. на данный момент с этим наполнителем лучше не экспериментировать. ...Точнее опыт конечно провести можно(держат же люди... только не у нас...), но любой опыт чреват потерями, а вам они вряд ли нужны.
4. Сквозные дыры не важны. Это уже дело лично твоей инициативы. Обычно они прорезаются, когда нужно использовать всю толщину формикария от одного стекла до другого, чтобы муравьям было просторней. Либо еще возможен вариант двусторонней конструкции(чтобы можно было с обеих сторон понаблюдать за жизнью колонии). 3 см вполне достаточно для односторонней камеры.
5. Лично я думаю, что камеры гипсовой отливки лучше грунтом не засыпать. Сам когда-то делал так. Эффект совсем не тот. Они всё равно роют не естественную структуру муравейника, а отрывают готовые камеры. Плюс потом от почвы будет пачкаться стекло, и за жизнью насекомых будет практически невозможно полноценно наблюдать.
6. Матку в формикарий сразу пускать не надо. Лучше подождать, пока не появится хотя бы 20 рабочих(лучше конечно вывести еще больше). Чем крупнее колония, тем легче ей адаптироваться к новым условиям. Всё же в пробирке условия(в основном влажность и простота доступа к корму) лучше, чем в большом формикарии.

разделять матку со своими рабочими не нужно. чем больше рабочих (при прочих равных условиях) - тем больше яиц несет матка.