Конечно лучше бы вы сделали еще фотографии, но на это раз более детальные, и именно странного кокона, тогда можно было бы что то точнее сказать, а так есть 2 предположения. Плохое и совсем плохое.
Начну с плохого. Инкубатор сделал не правильно, ватка совсем сухая (или слева есть по правилам оборудованная пробирка?), на дне совершенно не нужные отверстия для вентиляции. Развитие и окукливание в сухом климате пошло не так как надо и вот получилось то что получилось, либо внутри этого комка что-то есть, либо личинка пыталась окуклится, но не смогла, матка ее съела, а наплетенная нить лежит.
Совсем плохое предположение, состоит в том, что матка у вас попалась зараженная паразитом и теперь он из нее вышел и окуклился. Но это маловероятно, ибо и в этом случае мы бы видели кокон, а не комок шелка.

Могу сказать, что матки кампонотусов - крайне нервные. Лучше всего - переселить в новый инкубатор, убрать в шкаф между одеждой, чтобы не было посторонних вибраций, и не трогать как минимум 2 недели. Потом раз в неделю контролировать. Так лучше всего поступать с нервными матками - это почти всегда им на пользу.

У меня была похожая ситуация, только кокон был немножко другой - чуть побольше и более правильной формы.
Это личинка мухи, которая откладывает свои яйца в матках во время их брачного лёта. Личинка развивалась внутри матки, выжирая её изнутри. Потом она вышла и попыталась вылупиться, но из за того, что для такой мухи температура не подходит - она не смогла. Матка умерла через недели 3-4 после того как эта личинка из неё вышла.

не стоит её никуда перегонять
пусть сидит там где ей нравиться

советую заранее подумать где можно взять коконов кампанотуса, если ей не удастся самостоятельно вывести первых рабочих, можно будет поднять семью на коконах

...может из за стресса лишнего это
Думаю, поступить так, как надо было изначально - найти место в квартире, где ее будут меньше всего беспокоить, и забыть про нее на некоторое время, проверяя раз в неделю

1) Стоит ли ее перед этим попытаться покормить желтком с медом? Все таки она уже месяц без еды, если не считать пару съеденных потенциальных поколений. Или оставить так как есть?

2) Продержится ли она в инкубаторе без воздуха две-три недели? (сейчас он представляет собой длинную конструкцию из двух шприцов и пробирки, с обеих сторон ватки с водой)

TimK
А зачем Вы столько нагородили? Оставили бы её в стандартной пробирке-инкубаторе и не беспокоили. По-моему, Вы только лишние проблемы ей создаёте.

Изначально неправильно сделал инкубатор, как заметили в первых комментариях
Сделал много отверстий для вентиляции рядом с ваткой и слишком плотно свернул саму вату, она пропитана почти полностью, но внешняя часть остается относительно сухой

TimK
Мы же не видим Вашей конструкции. Как можем что-то советовать? Сейчас Вы пишите, что там много отверстий

Конструкция такая, как я писал выше: 2 шприца 20-ки + новая пробирка пробирка (с нормальным увлажнением, куда она не суется даже), с обеих сторон ватки с водой
Отверстия хорошо видны на фотографии в первом посте, в данный момент заклеил их с внешней стороны чтобы хоть как-то увеличить влажность

TimK
Вы уж сами посмотрите внимательно на конструкцию и сами ответьте на свой вопрос. В стандартном инкубаторе заткнутом рыхлым кусочком ваты самка спокойно проживёт до первых рабочих. Не задохнётся.

Спасибо за ответ!
Значит с этим проблем не должно быть

Стоит ли ее пытать еще кормить (желток + мед)? С учетом того, что до этого ни дрозофилу, ни комара не ела, зато уже 2 поколения расплода на стадии личинок съела
Или пока оставить в покое?

PS: понимаю, что точного ответа дать нельзя, т.к. зависит от матки и того как она отреагирует на еду и очередное вторжение в инкубатор. Просто нет в этом опыта и поэтому опасаюсь хватит ли ей белка чтобы выходить наконец рабочих

если с маткой всё ок то кормить её не нужно

но если уже часть расплода погибла то желательно раз в неделю покормить но не чаще
сироп лучше поместить на кусочек фольги чтоб если не выпьет то можно было его забрать
можно дать небольших дохлых насекомх
если насекомых не ест то желток скорей всего не будет, у меня даже большие колонии его не едят

коконы можно взять у когото кто держит кампанотусов
или найти в природе
подойдёт любой не тропический кампанотус
хотя тропический возможно тоже но я не пробовал