Наведение порядка в формикарии является неотъемлемой частью ухода за колонией. Как правило жилые камеры формикария почистить практически невозможно, но чистка арены - задача вполне выполнимая и важная.

При большой численности муравьев чистка арены может доставить хлопот. Для чистки арены можно использовать эксгаустер (см. приложение), но вместо муравьев засасывать мусор. Если арену нужно почистить капитально, то можно попытаться прогнать муравьев в формикарий, заткнуть трубку/вход ваткой и спокойно убраться. Но со многими видами это затруднительно – например, рыжие лесные муравьи вместо того чтоб испугаться и убежать, в лутшем случае встанут в стойку и начнут обстреливать мирмикипера кислотой, в худшем - побегут все защищать свой муравейник. Поэтому при проектировании арены необходимо тщательно продумать возможность ее чистки, которая не займет много времени и не покалечит муравьев. Идеальным вариантом для маленьких семей, является сменная арена, когда к формикарию подключается новая (чистая) арена, а старая путем затруднения доступа к ней муравьев (переподключение старой арены через новую. или к такому выходному отверстию формикария которым муравьи редко пользуются) постепенно выводится с эксплуатации. Для таких как рыжие лесные муравьи чистку или смену арены лутше приурочить к периоду их зимовки, но сама конструкция такой арены должна предусматривать возможность установки сменных модулей-кормушек которые легко изьять не тревожа муравьев, заменить или почистить.