Несмотря на то, что вопрос вентиляции формикария не очень хорошо изучен, все киперы склоняются к тому, что она необходима.
В природных муравейниках вентиляция осуществляется за счет сложных процессов аэрации почвы и разложения органики внутри муравейника.

Необходимость вентиляции появляется с того момента, как матка посажена в инкубатор. Для вентиляции в инкубаторе достаточно того, что вата на входе пропускает воздух. Однако нужно соблюдать кое-какие правила:

• Никогда не закрывайте вход в инкубатор не проводящим воздух материалом. Например, имели место прецеденты, когда вход затыкали поршнем шприца. Это может привести к тому, что семья просто задохнется.
• Вату, закрывающую вход необходимо скатывать не плотно, (лишь до того состояния, чтоб муравьи не могли ее вытолкнуть), чем лучше она будет пропускать воздух, тем лучше.
• При соединении инкубатора с ареной площадь вентиляции падает на диаметр соеденительной трубки. Поэтому крайне желательно сделать вентиляционные отверстия в крышке арены, чтоб компенсировать эту потерю.